Typique entre 800 et 1400 mètres d'altitude, une forêt luxuriante dominée par le hêtre et le sapin s'élève jusqu'au bas des falaises. Plus haut sur les versants rocheux, elle est essentiellement constituée d'épicéas. Sur les crêtes les pins à crochets occupent la roche nue.
Les milieux rocheux, malgré leur apparence hostile, accueillent une faune remarquable et fragile. Les roches calcaires qui constituent la structure du massif ont favorisé la formation de nombreuses parois, aussi bien en montagne qu'en bordure des plaines.
Les montagnes calcaires de Haute Chartreuse sont presque dépourvues d'eau de surface. Cependant, les fortes précipitations drainées vers les terrains moins perméables (plaine du Guiers, vallon de Couz, collines du Haut Voironnais, Abymes de Myans...) ont entraîné la formation de petites zones humides. Ces différents milieux d'origine naturelle (lacs, marais et tourbières) ou humaine (mares, étangs) accueillent quelques une des espèces les plus sensibles du territoire.
Le relief de collines de l'Avant-Pays savoyard et les pentes des coteaux de l'Isère ont contribué au maintien d'activités traditionnelles d'élevage et de polyculture : des parcelles de taille modeste forment une mosaïque mêlant prairies de fauche ou de pâture, haies et vergers. Cette mosaïque est malheureusement soumise à la pression urbaine.